Een NSW-landgoed kan toegerekend worden aan het ondernemingsvermogen, kan een eigen woning of een belegging zijn. De drie mogelijke kwalificaties van een NSW-landgoed voor de inkomstenbelasting werken verschillend uit. De exacte uitwerking is afhankelijk van de feiten en omstandigheden van het concrete geval.
Indien het NSW-landgoed fiscaal tot het keuzevermogen behoort en sprake is van ondernemingsverliezen is het verstandig het NSW-landgoed onder te brengen in box 1, in dat geval is het verlies aftrekbaar van de overige winsten in box 1. Vaak zal er echter geen mogelijkheid zijn om te kiezen tussen de drie verschillende fiscale kwalificaties. Als de eigenaar het NSW-landgoed daadwerkelijk als hoofdverblijf bewoond kan hij het landgoed (of een gedeelte daarvan) aanmerken als eigen woning. Op deze wijze kan de eigenaar de rente en kosten van geldlening onder voorwaarden ten laste van zijn box 1 inkomen brengen. Tot slot kan het NSW-landgoed kwalificeren als belegginsvermogen in box 3. Hieraan is voldaan indien het landgoed geen ondernemingsvermogen of een eigen woning is. De eigenaar heeft recht op een vrijstelling voor de waarde van de ongebouwde eigendomen (de omliggende grond van het landgoed). Over de gebouwde eigendommen op het NSW-landgoed wordt in box 3 inkomstenbelasting geheven tegen een effectief tarief van 1,2%.
Vaak staan op het NSW-landgoed rijksmonumenten. In dat geval kan 80% van de (achterstallige-) onderhoudskosten als persoonsgebonden aftrek genoten worden in het jaar van betaling van die kosten.
Voor de waardebepaling op grond van de wet WOZ maakt het geen verschil op welke wijze het NSW-landgoed in de inkomstenbelasting wordt behandeld. De WOZ waarde voor een NSW-landgoed is bepaald op de bestemmingswaarde. Op deze wijze wordt rekening gehouden met de bezits- en instandhoudingsvereisten voor de huidige eigenaar van het landgoed.